De EVO, Koninklijke Schuttevaer en de Vereniging van Waterbouwers hebben gezamenlijk vanuit het Centraal Overleg Vaarwegen (COV) beroep aangetekend tegen de aanwijzing van vaarroutes als Natura 2000-gebied. Het gaat onder meer om het IJsselmeer en de Westerschelde.
De nieuwe Natura 2000-gebieden worden om hun natuurbelang beschermd. De organisaties vinden de aanwijzing strijdig met de algemene beginselen van behoorlijk bestuur, "met name op de punten van de rechtszekerheid en de zorgvuldigheid, omdat de gebieden al worden aangewezen nog voordat helder is welke voorschriften precies zullen worden gehanteerd".
De organisaties zien in de aanwijzing een ernstige aantasting van de rechten van hun leden en een belemmering van toekomstige economische activiteiten. Ze worden gemachtigd door twee scheepvaartbedrijven en een veevoederfabriek.
